Filho de pais portugueses, nasceu na Venezuela em 1982. Aos 4 anos de idade vem para Portugal, mais propriamente para Fermentelos, terra natal de seus pais e inicia os seus estudos musicais aos 6 anos. Posteriormente ingressou no Conservatório de Música de Águeda onde para além das disciplinas de Ciências Musicais, estudou clarinete. Neste período, participou em Concertos com a Orquestra Ligeira do Conservatório, dirigida pelo falecido Professor Fernando Valente.

Foi membro do Grupo de Instrumentos de Sopro de Coimbra, dirigido pelo Maestro Adelino Martins, com o qual realizou diversos Concertos nas principais cidades do País e também no estrangeiro, nomeadamente em Itália.

Apenas com 16 anos de idade assumiu a Direcção Artística da Banda Juvenil da Banda Marcial de Fermentelos, cargo onde obteve considerável êxito. Mais tarde é convidado a dirigir a Banda Filarmónica de Magueija – Lamego.

Em 1998 foi admitido no Curso de Prática Orquestral, na Escola Profissional de Música de Espinho, onde estudou oboé sob a orientação do Professor Aldo Salvetti. Nesta escola, participou em estágios e concertos da Orquestra de Sopros, dirigida pelo professor Kevin Wauldron e da Orquestra Clássica, sob a Direcção dos Maestros Cesário Costa e Brian Shembri. Com esta Orquestra, participou em 1999, no Festival Internacional de Orquestras de Jovens em Múrcia (Espanha) e em 2002 no “Aberdeen International Youth Festival”, na Escócia, tendo sido seleccionado para integrar a Orquestra do Festival, constituída por instrumentistas de todos os países participantes e dirigida pelo Maestro Roland Kieft. Participou também no 2º Estágio Nacional de Orquestra APROARTE, realizado em 2000, sob a Direcção do Maestro Ernst Schell, bem como no 1º Festival de Música de Câmara da Beira Interior. Tem feito parte de várias Orquestras, na qualidade de músico convidado, tais como, Orquestra Clássica da Escola Profissional de Música de Espinho, Orquestra de Jovens do Concelho de Santa Maria da Feira, Orquestra do Salão Jardim do Coliseu do Porto, Orquestra de Câmara de Coimbra, Orquestra Clássica da Madeira, Orquestra Sinfónica Particular, Orquestra Clássica de Espinho, Banda Sinfónica do Conservatório de Música do Porto, entre muitos outros agrupamentos.

É Licenciado em Instrumentista de Orquestra (oboé), pela Escola Superior de Música e das Artes do Espectáculo do Porto (ESMAE), onde estudou com o Professor Ricardo Lopes. Enquanto aluno desta Escola, realizou Estágios e Concertos com a Orquestra Sinfonieta, tendo trabalhado com os Maestros António Saiote, Omri Hadari, Yuri Nasushkin, Robertas Servenikas, entre outros. Além dos maestros atrás referidos, trabalhou igualmente com outros maestros importantes em várias outras formações – Jean -Sebastian Bereau, Rui Massena, Osvaldo Ferreira, Virgílio Caseiro, - e solistas famosos - Eliot Lawson, Jean Jacques Kantaurow, Cecília Fontes, Nuno Inácio, António Rosado, Pedro Burmester,  Bárbara Dória, Daniel Rowland, Ryszard Woycicki, Helena Vieira, Carlos Guilherme, Giovanni D'Amore, Rão Kiao, Pedro Caldeira Cabral, Ana Paula Russo, entre outros.

Tem complementado a sua formação participando em Cursos de Aperfeiçoamento Musical, com destacados oboístas tais como Andreas Wittmann, Stephan Schilli, Ricardo Lopes, Emanuel Abbuhl, Alex Klein, Ole-Henrik Dahl, Omar Zoboli, Christian Wetzel e Guy Laroche. Estudou na Suécia na “Musikhogskolan I Malmo” - Academia Superior de Música de Malmo, tendo efectuado Concertos com a Orquestra Sinfónica da Academia, sob a batuta do Maestro Jaako Kuusisto. Frequentou, o Curso Livre de Direcção de Orquestra na Universidade Católica Portuguesa - Porto, sob a orientação do Maestro Cesário Costa. Teve aulas de Direcção Coral com a Profª. Barbara Francke. Na qualidade de participante, frequentou os Cursos de Direcção de Orquestra no Conservatório Superior de Música de Gaia, orientado pelo Maestro Arnold M. Kats, e na Orquestra Filarmonia das Beiras, sob orientação do Maestro Vasco Pearce de Azevedo. Participou em Águeda, nos Cursos de Direcção Coral com os Maestros Edgar Saramago e Vasco Negreiros. Presentemente estuda Direcção de Orquestra com o Maestro Jean Marc Burfin.

Frequentou aulas de Piano no Conservatório de Música de Águeda.

Já participou em programas da TV na qualidade de músico e também de Maestro.

A sua actividade musical tem-lhe permitido participar em Concertos em vários pontos do território nacional e também em Espanha, França, Escócia, Itália, Suécia, Estados Unidos da América, Açores e Madeira.

Jonathan Costa dirige presentemente a Banda Recreativa União Pinheirense, a Orquestra Juvenil e a Orquestra Ligeira da referida Banda, sendo também o responsável pela Escola de Música, e criou a Orquestra de Jovens do Concelho de Águeda na qual é Director Artístico e Maestro Titular e com a qual já gravou 2 CDs um dos quais com a participação do Tenor Português Carlos Guilherme.

Leccionou no ATL (Actividades de Tempos Livres) de Fermentelos, desenvolvendo funções no ensino da música a crianças a partir dos 5 anos e na Escola de Música “Notas Soltas” em Albergaria-a-Velha. É Professor da classe de Oboé no Conservatório de Música de Águeda, no Conservatório de Música da Jobra (Branca - Albergaria-a-Velha) e na Escola Profissional de Música de Espinho, Professor de Música nas Escolas Básicas de São João de Loure, Director artístico do agrupamento musical que abrilhanta as cerimónias oficiais da Universidade de Coimbra e 1º Oboé da Orquestra Clássica do Centro em Coimbra.